A 法人の場合は青色申告が取り消されます。
2期連続で期限後申告すると遡って青色申告が取り消されます。個人と法人の両方とも適用されると間違って紹介している人がいますが、法人のみの規定です。
いつから取り消されるのか、3期目から白色になるのか、とちょっとわかりにくいので例を出して説明します。
例えば、平成31年（令和元年）3月期と令和2年3月期の両方とも期限後申告だとすると、下記のように2回目の期限後申告から取り消されます。
平成（令和）31年3月期（期限後申告）・・・青色（セーフ）
令和2年3月期（期限後申告）・・・白色（アウト！）
令和3年3月期（期限内）・・・白色、取消通知書が届く
令和4年3月期（期限内）・・・白色、承認申請書再提出
令和5年3月期（期限内）・・・青色
上記のように、青色申告が取り消されると、3期にわたって白色申告が強制されます。
青色申告の承認の取消通知書が届く（青色申告がいったん取り消される）と、1年間は再申請ができません。 青色申告の適用は申請の翌期になるため、再適用は最短でも翌々期になります。 当然ながらこの間に生じた欠損金を繰り越すことはできませんが、過去の青色申告承認期間中に発生した欠損金については繰越控除を受けられます。
つまり、取り消し通知書が届いた期は白色、1年間申請できないので翌期も白色、そして2期連続期限後申告をした期から白色になるので合計3期が青色ではなくなります。
修正申告の可能性
青色申告が取り消されるということは、青色の特典を利用していれば、2期目の期限後申告は修正申告の対象になります。
例えば、「繰越欠損金の繰越控除」や「少額減価償却資産の特例」などです。
逆に言えば、青色でも白色でも結果が同じ場合は、修正申告の必要はありません。
このように、法人の2期連続期限後申告は危険なので、期限後申告があった翌年は必ず期限内に申告をしましょう。